Quando se inicia a Segunda Grande Guerra Mundial, em 1939, a Europa divide-se em dois blocos, de um lado os Aliados - a França e a Inglaterra, que apoiam a Polónia - do outro a Alemanha (a Itália, aliada política da Alemanha, com a qual formava o "Eixo", só viria a entrar no conflito em 1941). Portugal declara imediatamente a sua neutralidade.
A posição portuguesa é a de defesa da nossa independência em relação ao conflito. Salazar numa intervenção feita perante a Assembleia Nacional declara o seguinte: "Ouço que a algumas pessoas as preocupa sobretudo saber as consequências que da guerra advirão para as democracias ou para os regimes de autoridade, e por aí determinam os seus íntimos desejos. Atrevo-me a dizer que a situação é indigna de nós, primeiro porque só os povos que não sabem governar-se é que estão à espera de saber como os outros se governam (...), segundo, porque ou nesta guerra se não discute nada, ou estão em jogo problemas de tal transcendência que a seu lado parece trágica ou ridícula a preocupação de situações políticas - porque infelizmente é disto que se trata!". Por isso, a posição portuguesa é determinada pela intransigente defesa daquilo que o Governo entende ser o "interesse português" e não por afinidades ideológicas com qualquer das partes em conflito. Ora, Salazar entendia ter Portugal pouco a ver com a política europeia, sendo a sua vocação essencialmente ultramarina, pelo que o interesse português era o de afastar-se o mais possível desse conflito.
No âmbito do interesse nacional, a aliança inglesa é firmada, mas de forma a não embaraçar a nossa liberdade de movimentos. Sucessivos pedidos dos ingleses, nomeadamente os de ser suspensa a emissão de boletins meteorológicos que se referissem às condições nos Açores, ser autorizado o trânsito de soldados e munições inglesas por Moçambique, ser proibido o desembarque de alemães em Portugal, são sucessivamente recusados. Fizeram-se diligências diplomáticas no sentido de evitar que a Espanha entrasse no conflito ao lado das potências do Eixo, porque essa situação, trazendo a guerra à Península, dificultaria ou inviabilizaria a neutralidade portuguesa. A posição que o Governo português toma em relação à questão do fornecimento do minério de volfrâmio mostra bem a sua posição: aos protestos ingleses contra a venda de volfrâmio aos alemães o Governo português responde com uma contraproposta, a de deixar de vender este minério tanto aos alemães como aos próprios ingleses, o que não foi por estes aceite.

Portugal conseguiu permanecer fora da guerra numa situação de "aliado não ativo", que ambos os blocos acatam, já que é do seu interesse, no que respeita ao território metropolitano. Contudo, esta situação não será possível para os territórios dos Açores e Cabo Verde, de enorme importância estratégica para a guerra marítima. Os americanos e os ingleses pretendem instalar-se nessas posições, mas a diplomacia portuguesa envida todos os esforços no sentido de dificultar operações desse género, pelo menos enquanto a sorte final do conflito permanece indecisa. Em 18 de agosto de 1943, e após longas negociações, quando já se adivinha a derrota alemã, é assinado um acordo secreto que concede aos ingleses facilidades militares nos Açores. A 8 de outubro desse ano, tropas inglesas desembarcam nos Açores, enquanto Salazar informa o Governo espanhol do facto, e obtém deste o compromisso de que o Exército espanhol se oporia caso a Alemanha resolvesse atacar Portugal. Temeu-se também que a Alemanha pudesse atacar os Açores, e foi para aí enviado um corpo expedicionário português; em todo o caso, o risco valia a pena, face à fraqueza alemã, e o certo é que os Açores não foram atacados. Entretanto, os americanos pretendem também beneficiar das facilidades concedidas aos ingleses mas o Governo português a tal se opõe, pois não existe nenhuma aliança que ligue Portugal aos Estados Unidos. Finalmente o acordo: os americanos terão o que pretendem, mas comprometem-se a ajudar Portugal na recuperação de Timor-Leste, que tinha sido ocupado pelos australianos (1941) e depois pelos japoneses (1942). A Austrália estava interessada em tomar posse do território e americanos e ingleses tiveram de fazer pressão sobre o Governo australiano para que os direitos portugueses fossem respeitados e quando terminou a guerra a possessão foi restituída à soberania portuguesa.
Do ponto de vista do equilíbrio entre as importações e exportações a posição de neutralidade portuguesa permitiu-lhe que nos anos de 41, 42 e 43 as exportações ultrapassassem as importações, facto que não se verificava desde há dezenas de anos, e nunca mais se viria a verificar.
Esta hábil gestão da neutralidade portuguesa trouxe-lhe, no final do conflito, os benefícios da paz sem ter de pagar o preço da guerra. A posição do Governo espanhol foi em grande parte definida pelas relações com Portugal, e a elas se deve o facto da Espanha não ter entrado no conflito ao lado do Eixo. O bloco ibérico foi o contrapeso utilizado nas relações com a Inglaterra, conduzidas de forma a que a aliança saísse reforçada e que a independência portuguesa fosse reconhecida quer pela Inglaterra, quer por Espanha. Portugal foi uma das raras zonas de paz num mundo "a ferro e fogo", e serviu de refúgio a muitos foragidos de variadíssimas proveniências. Um desses refugiados foi o arménio Calouste Gulbenkian, que se fixou no nosso país tendo legado a sua fortuna para a constituição da Fundação com o seu nome, a qual se tornou uma das mais notáveis instituições ao serviço da cultura em Portugal.
O fim da Segunda Guerra Mundial representou na Europa Ocidental, do ponto de vista político, o triunfo das democracias como forma de governo e a condenação dos totalitarismos.
Em Portugal, embora se reconhecesse o mérito da obra de Salazar no que respeita à reorganização financeira, à restauração económica e à defesa da paz, muitos entenderam que tinha chegado a oportunidade de mudança. A reabilitação das democracias levava um grande setor da opinião a desejar o regresso a uma forma de governo baseada na representação parlamentar. Houve vários esforços por parte da oposição ao Governo no sentido de obter a condenação da situação portuguesa na nova ordem internacional, mas Salazar era um político muito respeitado ao nível externo.
Internamente também se verificam problemas: a Guerra Civil de Espanha (1936-1939), logo seguida pela Segunda Guerra Mundial, trazem problemas de escassez de géneros (Portugal era deficitário quanto a alimentos) e a inflação dispara. O Governo recorre, embora tardiamente, a racionamento de géneros e fixação de preços e aumenta a corrupção do aparelho corporativo. Estalam várias greves que são reprimidas pela polícia política e pelo Exército, estando a situação controlada em 1944. Segue-se a crise política, provocada em parte pela convicção de que tinha chegado a hora do fim dos regimes totalitários: a luta política é levada a cabo quer pelo Partido Comunista (que em 1940/41 e liderado por Álvaro Cunhal tinha criado o Movimento de Unidade Nacional Antifascista - MUNAF), quer pelos republicanos reorganizados à volta do Movimento de Unidade Democrática - MUD -, criado em outubro de 1945 para concorrer às eleições para a Assembleia previstas para o mês seguinte. Entretanto, o MUD desistiria de ir às urnas, e, ao longo de 1946, começa a perder-se a força de contestação. Em 1947 tenta-se um golpe militar, a "Abrilada", mas que se revela um malogro.
Salazar sente também necessidade de proceder a certas reformas. Em 1946, Marcello Caetano emerge como chefe-de-fila da ala reformista no seio do próprio regime, defensora da industrialização, e em 1948 o MUD é ilegalizado e prendem-se os membros da sua comissão central. Já em 1949, a candidatura de Norton de Matos à Presidência da República dá novo alento às oposições, mas o candidato acabará por desistir, dando a vitória a Carmona. Segue-se nova vaga repressiva: Álvaro Cunhal é preso e cai o aparelho central do PCP. As oposições entram claramente em refluxo. É a glória de Salazar novamente restaurada.